Comme le titre l'indique, pour cette dernière saison, les tortues reviennent dans notre époque. Don et le robot, avec l'aide de l'enfant (je m'en fiche tellement que je ne me souviens même plus de leurs noms
) ont fait une machine à remonter le temps. Mais l'un de leur adversaires durant la saison futuriste était une sorte de virus, qu'ils pensaient avoir battu à la fin de la saison 6. Mai le virus est encore là, et prend possession du corps du robot. Ce dernier s'en va avec les tortues et Splinter dans le passage, au dernier moment, et trafique le voyage temporel, faisant que les tortues et Splinter se retrouvent dans plusieurs époques, chez les dinos, époque médiévale... et l'époque actuelle. Mais juste avant d'arriver dans notre époque, le robot tire sur les tortues. Splinter se met en travers et reçoit l'onde de choc. Le virus qui a pris possession du robot a réussit à numériser Splinter, qui se retrouve alors coincé sur... internet. Les tortues arrivent finalement dans note époque, sans Splinter. Et comme par magie, Don parvient à construire une machine à la Code Lyoko, permettant de dématérialiser les tortues, et les mettre sur internet, pour récupérer, un peu comme dans un jeu vidéo, des morceaux de Splinter pour parvenir à le reconstituer. Pour les aider dans l'aventure, Don crée des costumes et des véhicules aux tortues dans cette dimension. Quant au virus, il s'implante dans le circuit des Foot, et devient le nouveau Shredder, qui combat les tortues sur le net majoritairement, jusqu'à reprendre forme matérielle, durant les trois derniers épisodes
